Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство транспорта Российской Федерации.
Государственными заказчиками Программы являются:

в отношении объектов Единой системы и объектов единой системы поиска и спасания - Федеральное агентство воздушного транспорта;

в отношении объектов метеорологического обеспечения аэронавигации - Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды.

Управление реализацией Программы, а также контроль за ее выполнением и эффективностью расходования средств федерального бюджета осуществляет государственный заказчик - координатор Программы.

Управление реализацией Программы производится в соответствии с порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594, и с положением об управлении реализацией Программы, утверждаемым Министерством транспорта Российской Федерации, определяющим порядок взаимодействия государственных заказчиков Программы, порядок принятия решений, проведения независимой экспертизы, ресурсного обеспечения мероприятий Программы, мониторинга хода их реализации и механизма корректировки.

Распределение объемов финансирования, приведенных в приложении N 3 к Программе, по объектам капитального строительства формируется в ежегодно утверждаемой федеральной адресной инвестиционной программе на текущий год и плановый период.

Предложения о распределении объемов финансирования, приведенные в приложении N 3 к Программе, по объектам капитального строительства вносятся государственными заказчиками Программы в соответствии с правилами формирования и реализации федеральной адресной инвестиционной программы.
Основанием для размещения заказов на поставки товаров, выполнение работ и оказание услуг для федеральных государственных нужд является федеральная адресная инвестиционная программа на текущий год и плановый период.

Основным видом отчетности о ходе выполнения государственных контрактов (договоров подряда) являются ежеквартальное федеральное статистическое наблюдение (формы N 1-ФП, N 1-ФП (индикаторы), N 1-торги, N 1-БЗ, N 1-БЗ (инвестиции), а также формы Министерства экономического развития Российской Федерации по ежеквартальной отчетности о ходе выполнения федеральных целевых программ и реализации федеральной адресной инвестиционной программы.

Государственный заказчик - координатор Программы и государственные заказчики Программы представляют отчетные документы о ходе реализации Программы в порядке, установленном постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.