Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации, государственными заказчиками Программы - Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Федеральное агентство по рыболовству.

Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации как государственный заказчик - координатор Программы в ходе ее выполнения:
осуществляет координацию деятельности государственных заказчиков Программы по эффективной реализации ее мероприятий участниками Программы, а также анализ эффективности использования средств федерального бюджета, средств бюджетов субъектов Российской Федерации и средств внебюджетных источников;

обеспечивает координацию работы с органами государственной власти субъектов Российской Федерации, осуществляемой на условиях заключенных соглашений о предоставлении субсидий на реализацию аналогичных целевых программ, реализуемых за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов);

подготавливает проекты решений Правительства Российской Федерации о внесении изменений в Программу и о досрочном ее прекращении, согласовывает их и представляет в Министерство экономического развития Российской Федерации для внесения в Правительство Российской Федерации;
разрабатывает в пределах своих полномочий нормативные (индивидуальные) правовые акты (локальные акты), необходимые для выполнения Программы;
подготавливает и направляет в Министерство экономического развития Российской Федерации ежеквартально и ежегодно доклады о ходе реализации Программы;

подготавливает ежегодно (при необходимости) в установленном порядке предложения об уточнении мероприятий Программы на очередной финансовый год, уточняет затраты на реализацию мероприятий Программы, а также механизм ее выполнения;

обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;

организует внедрение информационных технологий в целях управления реализацией Программы и контроля за ходом выполнения ее мероприятий;
организует размещение в средствах массовой информации (в том числе электронных) сведений о ходе и результатах реализации Программы, финансировании ее мероприятий, привлечении внебюджетных ресурсов, проведении конкурсов и торгов на участие в реализации Программы и порядке участия инвесторов;

после завершения Программы представляет в Правительство Российской Федерации, Министерство экономического развития Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации доклад о выполнении Программы и эффективности использования финансовых средств за весь период ее реализации.

В ходе выполнения Программы государственные заказчики:

вносят предложения и участвуют в уточнении целевых индикаторов и расходов на реализацию мероприятий Программы, а также в совершенствовании механизма реализации Программы;

заключают соглашения с исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации о предоставлении субсидий из федерального бюджета на реализацию аналогичных региональных целевых программ, реализуемых за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов), по мероприятиям, расходы на которые включены в такие программы;

обеспечивают эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;

участвуют в составлении ежеквартальной отчетности о ходе реализации Программы;

участвуют в организации плановых проверок хода реализации отдельных мероприятий Программы;

осуществляют управление деятельностью исполнителей Программы в рамках выполнения ее мероприятий;

представляют государственному заказчику - координатору Программы статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации мероприятий Программы;

участвуют в подготовке доклада о ходе работ по реализации Программы, достигнутых результатах и эффективности использования финансовых средств.
В целях обеспечения согласованных действий при реализации Программы государственным заказчиком - координатором Программы создается научно-координационный совет, формируемый из представителей государственных заказчиков, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, научных организаций и независимых экспертов.

Положение о научно-координационном совете, его состав и регламент работы утверждаются Министерством природных ресурсов и экологии Российской Федерации.

Основными задачами научно-координационного совета являются:

рассмотрение материалов о ходе реализации мероприятий Программы и предоставление рекомендаций по их уточнению, а также рассмотрение итогов реализации Программы;

выявление научных, технических и организационных проблем в ходе реализации Программы и разработка предложений по их решению.

Организационное и методическое сопровождение деятельности научно-координационного совета осуществляет Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации.

Методическое, информационно-аналитическое и организационное сопровождение Программы будет осуществляться дирекцией по реализации федеральной целевой программы "Развитие водохозяйственного комплекса Российской Федерации в 2012 - 2020 годах" (далее - дирекция Программы).

Функции дирекции Программы будут возложены на Федеральное государственное бюджетное учреждение "Информационно-аналитический центр развития водохозяйственного комплекса", подведомственное Министерству природных ресурсов и экологии Российской Федерации.

Дирекция Программы выполняет следующие основные функции:

собирает и систематизирует статистическую и аналитическую информацию о реализации мероприятий Программы;

организует по поручению государственных заказчиков Программы оценку выполняемых проектов и региональных программ субъектов Российской Федерации;

осуществляет мониторинг показателей результативности и эффективности мероприятий Программы, их соответствия целевым индикаторам и показателям;
внедряет и обеспечивает применение информационных технологий в целях управления реализацией Программы и контроля за ходом ее выполнения, а также осуществляет информационное обеспечение специализированного сайта в сети Интернет;

в соответствии с Федеральным законом "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд" выполняет функции государственного заказчика по мероприятиям Программы, закрепленным за Министерством природных ресурсов и экологии Российской Федерации, по проведению научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, а также по мероприятиям, направленным на просвещение и информирование населения по вопросам использования и охраны водных объектов.

Создание дирекции Программы обусловлено высоким уровнем социально-экономической значимости результатов реализации программных мероприятий, их межотраслевым и межведомственным характером, масштабностью проводимых мероприятий, необходимостью координации деятельности и осуществления оперативного взаимодействия с органами государственной власти субъектов Российской Федерации на всей территории Российской Федерации, а также долгосрочным периодом реализации Программы.

Финансирование деятельности дирекции Программы осуществляется Министерством природных ресурсов и экологии Российской Федерации за счет средств, предусмотренных на реализацию Программы.

До начала реализации Программы Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации утверждает положение об управлении реализацией Программы, определяющее в том числе:

механизмы корректировки мероприятий Программы и их ресурсного обеспечения в ходе реализации Программы;

процедуры обеспечения публичности (открытости) информации о значениях целевых индикаторов и показателей Программы, результатах мониторинга ее выполнения, об условиях участия в Программе исполнителей, а также о проводимых конкурсах на поставки товаров (работ, услуг) для государственных нужд и критериях определения победителей.

Для решения региональных задач, связанных с гарантированным обеспечением водными ресурсами устойчивого социально-экономического развития Российской Федерации, сохранением и восстановлением водных объектов, обеспечением защищенности населения и объектов экономики от наводнений и иного негативного воздействия вод, предусматривается предоставление бюджетам субъектов Российской Федерации субсидий на софинансирование соответствующих расходных обязательств субъектов Российской Федерации и муниципальных образований по реализации мероприятий региональных целевых программ, аналогичных Программе по целям и задачам.

В 2012 году софинансирование строительства и реконструкции объектов капитального строительства, находящихся в государственной собственности субъектов Российской Федерации и муниципальной собственности, осуществляется в соответствии с Правилами предоставления субсидий за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, в отношении которых главным распорядителем средств федерального бюджета является Федеральное агентство водных ресурсов, бюджетам субъектов Российской Федерации на софинансирование объектов капитального строительства государственной собственности субъектов Российской Федерации и (или) на предоставление соответствующих субсидий из бюджетов субъектов Российской Федерации местным бюджетам на софинансирование объектов капитального строительства муниципальной собственности, не включенных в долгосрочные (федеральные) целевые программы, утвержденными постановлением Правительства Российской Федерации от 29 июня 2011 г. N 522.

Софинансирование капитального ремонта гидротехнических сооружений, находящихся в собственности субъектов Российской Федерации, муниципальной собственности, и бесхозяйных гидротехнических сооружений, а также ликвидации бесхозяйных гидротехнических сооружений в 2012 году осуществляется в соответствии с Правилами предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета в 2012 году бюджетам субъектов Российской Федерации на осуществление капитального ремонта гидротехнических сооружений, находящихся в собственности субъектов Российской Федерации, муниципальной собственности, и бесхозяйных гидротехнических сооружений, а также на ликвидацию бесхозяйных гидротехнических сооружений в рамках реализации Программы согласно приложению N 10.

С 2013 года предоставление субсидий из федерального бюджета на софинансирование региональных целевых программ в области использования и охраны водных объектов осуществляется в соответствии с Правилами предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на софинансирование региональных целевых программ в области использования и охраны водных объектов согласно приложению N 11.

Правила предоставления из федерального бюджета российским организациям субсидий на возмещение части затрат на уплату процентов по кредитам, полученным в кредитных организациях на осуществление инвестиционных проектов по строительству, реконструкции и модернизации систем оборотного и повторно-последовательного водоснабжения и комплексов очистных сооружений в рамках реализации Программы приведены в приложении N 12.