Достижение целей и решение задач Программы обеспечивается путем реализации инвестиционных и инновационных мероприятий.

Включенные в Программу мероприятия сгруппированы в подпрограммы по отраслевому и функциональному признакам с учетом их функциональной однородности, взаимосвязанности и рационального управления реализацией Программы. Программа включает в себя 6 подпрограмм. Подпрограмма "Развитие экспорта транспортных услуг" сформирована по функциональному принципу и содержит мероприятия по комплексному развитию транспортной инфраструктуры, которые будут реализованы на условиях государственно-частного партнерства. Подпрограммы "Железнодорожный транспорт", "Автомобильные дороги", "Морской транспорт", "Внутренний водный транспорт", "Гражданская авиация" и "Контроль и надзор в сфере транспорта" сформированы по отраслевому принципу.

(в ред. Постановления Правительства РФ от 30.12.2011 N 1201)

Отбор мероприятий для включения в Программу осуществлялся на основе комплексной модели развития транспортной системы с учетом геополитических интересов Российской Федерации, прогнозов развития и размещения производительных сил, объемов внешнеторгового оборота и схем территориального планирования развития регионов.